Yayasan Dayah Bustanul Ulum didirikan pada tanggal 02 Desember 1972 di Aceh Timur, yang dipromotori oleh Letnan Kolonel Teungku Muhammad Noerdin bersama tokoh publik lainnya saat itu. Yayasan tersebut telah disahkan dengan SK. Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia Republik Indonesia Nomor.AHU-5278.AH.01.04 Tahun 2010.
Yayasan Dayah Bustanul Ulum yang berkedudukan di desa Alue Pineung, Jln. Banda Aceh – Medan Km. 447.: Kecamatan Langsa Timur, Kota Langsa, Propinsi Aceh memiliki dua unit lembaga, yaitu ; Madrasah Ulumul Qur’an (MUQ) dan STIKes Bustanul Ulum Langsa, saat ini yayasan tersebut di dipimpin Oleh Drs. H. Faisal Hasan ZZ.
Pada tahun 1961, atas inisatif seorang Letnan Kolonel Teungku Muhammad Noerdin yang menjabat selaku Penguasa Perang Daerah Tingkat II Aceh Timur bersama ulama dan tokoh publik kala itu mendirikan sebuah wadah pendidikan generasi Islam yang diberi nama “Dayah Bustanul Ulum” di atas areal seluas 10.556 meter persegi, yang saat itu beralamat di Jalan Irian (sekarang Jalan Syiah Kuala) Desa Tualang Teungoh, Kota Langsa – Aceh, Indonesia.
Pondok Pasantren (dayah) yang baru didirikan itu diberi nama “Yayasan Dayah Bustanul Ulum”. Pada perkembangan selanjutnya yayasan ini mendirikan lembaga resmi berbentuk Sekolah, yakni madrasah yang diberi nama “Madrasah Ulumul Quran” dibawah Yayasan Dayah Bustanul Ulum.
Secara Historis, “Madrasah ulumul Quran Langsa”, awalnya adalah Dayah Bustanul Ulum, dimana dayah tersebut berdiri sebagai tindak lanjut dari hasl musyawarah antara penguasa perang (Syamaun Gaharu) dan Gubernur Aceh (A.Hasymi) yang salah satu poin keputusannya adalah “Di setiap ibu kota kecamatan akan dibangun Taman Pelajar, yang namanya teserah kepada kecamatan yang bersangkutan”.
Akhir tahun 1981 sistem pendidikan yang lama Dayah Bustanul Ulum disempurnakan dengan sistem klasikal. Dengan penyempurnaan sistem ini maka dayah ini menjadi “Madrasah Ulum Quran” sebagai pasantren terpadu dengan memadukan kurikulum pesantren salafiyah, kurikulum Kementerian Agama dan Kurikulum Pendidikan Nasional dengan menempatkan santrinya di asrama dalam masa belajar enam tahun.
Gerak laju dan eksistensi kelembagaan Yayasan Dayah Bustanul Ulum dari masa ke masa, formalnya dimulai sejak tahun 1972 dengan akta pendirian yayasan tanggal 2 Desember 1972, kemudian mendapatkan status badan hukum dengan SK Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia Republik Indonesia, No. AHU-5278.AH.01.04, tanggal 30 Desember 2010.
Setelah memperoleh status badan hukum tahun 2010, kontribusi keilmuan juga semakin mewarnai dunia intelektual di Aceh. Warna-warni pemikiran dan kerja nyata Pengurus Yayasan Dayah Bustanul Ulum memberi andil atas berbagai inisiatif untuk memajukan pendidikan Islam dan Pendidikan Kesehatan di Aceh khususunya dan Indonesia pada umumnya. Dari awal berdirinya hingga sekarang warisan ketekunan itu, selalu menjadi nahkoda khusus atau magnet dari warisan intelektual yang terus menerus digali dan dikembangkan para pengurus dari setiap periode kepengurusan.